Der Wind weht stark durch die verwitterte dunkle Nacht Sekigahara. Soeben wurde die größte Schlacht ganz Japans geschlagen. Viele Menschen bezahlten damit mit ihrem Leben. Diese grausame Schlacht bestritt auch der Dämonäugige Kyo. Schon über tausend Männer hat er auf dem Gewissen als er 1600 der Sekigahara Schlacht bemächtigt und plötzlich einem ebenbürtigen Gegner mit dem Namen Mibu Kyoshiro gegenübersteht. Dessen Ziel ist es den Dämonäugigen Kyo zu stoppen und auch gleichzeitig zu vernichten. Ein Kampf auf Leben und Tod entbrennt. Währenddessen steuert ein gigantischer Komet auf die beiden Kontrahenten zu.

4 Jahre später sind Kyo und Mibu immer noch wie vom Erdboden verschluckt. Keiner weiss was damals wirklich geschehen ist. Der Krieg ist zu Ende und die Leute haben angefangen, sich von der grausamen Schlacht zu erholen. Darunter auch der Medizinverkäufer und Wanderheiler Mibu. Er schlendert gerade durch den Wald als er plötzlich von einer Frau mit dem Namen Yuya Shiina angegriffen wird. Diese ist eine Kopfgeldjägerin und dachte Mibu sei der legendäre Dämonäugige Kyo. Wie sich aber herausstellt, ist Mibu alles andere als ein tapferer Krieger. Da taucht plötzlich ein Dämon auf und greift die Beiden an. Wie von Geistes Hand verfärben sich Mibus Augen rot und aus dem zuvor noch schwächlichem Etwas ist ein furcht einflößender Schwertkämpfer geboren. So erfährt man, dass die Seele des Dämonäugigen Kyos in dem Körper von Mibu gefangen ist. Sobald dieser einer großen Gefahr ausgesetzt ist, erlangt Kyo die Oberhand seines Körpers.

Mibu begleitet Yuya auf ihrer Suche nach einem Mann mit einer Wunde auf dem Rücken. Dieser soll ihren Bruder getötet haben. Auf ihrer Reise nach Edo verwandelt sich Mibu immer mehr in den gefährlichen Kyo. So ist es nur eine Frage der Zeit, bis der Dämon die komplette Kontrolle der schwächeren Seele übernimmt. Da dies den Stärken nicht befriedigt, begibt er sich auch die Suche nach seinem eigenen Körper. Viele Dämonen stellen sich bei Kyos Reise in den Weg. Neben seinem Ziel, seinen eigenen Körper zu finden, will er auch herausfinden, was vor 4 Jahren bei der Sekigahara Schlacht wirklich passiert ist. Welches Schicksal teilen sich Mibu und Kyo miteinander?

Die 26-teilige TV-Serie Samurai Deeper Kyo wurde im Jahr 2002 von Studio Deen produziert. Der Originalmanga stammt von Kamijou Akimine und ist mit 38 Bänden abgeschlossen. Hierzulande wurde der Manga ab Band 18 abgebrochen, da der Deutsche Verlag Heyne sein Manga Sortiment einstellte.