3 Jahre sind seither vergangen, als der kleine Naruto auf eine Trainingsreise mit seinem Sensei Jiraiya aufbrach. Geprägt von der langen Zeit, entwickelte sich Naruto zu einem jungen Mann. Obwohl sich sein Äusseres ein wenig änderte und auch seine Kleidung, welche er von Jiraiya erhielt, so ist er immer noch der selbe Hitzkopf wie damals. Auch seine Ziele neben Hokage zu werden, Ausreißer Sasuke zu finden und zurück nach Konoha zu bringen, ist für ihm nach wie vor die oberste Priorität.

In den 3 Jahren haben sich neben Narutos Äusserem auch seine damaligen Freunde verändert. Aus Konoha Rock Lee, Tenten, Neji, Shikamaru, Chouji, Ino, Kiba, Hinata, Shino und Sakura, als auch aus Sunagakure Gaara, Kankuro und Temari

Der große Hauptfeind ist neben Orochimaru von Beginn an die Organisation Akatsuki. 10 Nukenin sind auf der Suche nach den neun Bijuus. Mit ihren Kräften wollen sie eine neue Ninja Ära einleiten.

Akatsuki wird von dem mysteriösen Pain geführt. Unter ihnen befindet sich weiters aus Konoha Itachi vom Clan der Uchiha, Sasukes älterer Bruder. Aus Sunagakure Sasori, der Puppenspieler und zugleich altes Vorbild von Kankuro. Der unsterbliche Sensenmeister Hidan, der einer verrückten Sekte namens Jashin angehört. Aus Kirigakure der Haifischähnliche Kisame, welcher einst zu den legendären 7 Schwertkämpfern gehörte. Aus Iwagakure der selbsternannte Künstler Deidara, welcher aus seinen Händen mit der Masse Ton explosives Material herstellen kann. Die mysteriöse Frau Konan, der unbekannte Zetsu, der Kopfgeldjäger Kakuzu und der äusserst geheimnisvolle Tobi. Einst gehörte auch Orochimaru zu Akatsuki.

Seit dem Ende der 220. Episode von Naruto, läuft die Anime Fortsetzung Shippuuden von Studio Pierrot immer Mittwochs am Japanischen Sender TV Tokyo. Der Manga, welcher den Titel Shippuuden nicht trägt, läuft nach wie vor im Weekly Shōnen Jump von Shueisha, welches in Japan immer Montags erscheint. Seit dem Start von Naruto Shippuuden im Februar 2007 hat heutzutage die neue Serie die 300. Grenze der Episoden schon längst überschritten. Dabei bleibt die Story vom Anime die des Mangas relativ treu, bis auf vereinzelte Fillerarcs.