Ein riesiger Roboter entsteht langsam aus der Mitte einer organischen Platte, die über der Erde schwebt. Dieser Roboter ist einer der beiden Serien-Typen, die diese Platten auf wundersame Art hervorbringen und zwar ein Brain Powerd.

In naher Zukunft existiert die Erde, wie wir sie kennen, nicht mehr. Unbeschreibliche Flutwellen und andere Naturkatastrophen haben den einst so grünen Planeten beinahe ganz zerstört und riesige Meere hinterlassen. Viele Lebewesen wie Mensch und Tier wurden einfach weggespült, doch ein Teil der Menschheit hat überlebt. In dieser Welt finden einige Überlebende am Grund des Pazifischen Ozeans eine alte Ruine, die sie Orphen nennen und messen sie eine außerirdische Macht zu, die scheinbar für die seltsamen, organischen Platten verantwortlich ist, die man seit kurzem am noch blauen Himmel des zerrütteten Planeten sichtet.

Diese Gruppe, die sich um die Hebung der alten Ruine bemüht, nennt man die Reclaimer. Doch deren Absichten sind nicht von edlen Motiven geleitet. Anstatt der verbliebenen Menschheit zu helfen, wollen sie die alleinige Macht über Orphen und somit auch über die gigantischen Roboter erlangen, die aus dem Inneren der Platten entstehen.

Diese organischen Roboter, Grand Childs und Brain Powerds genannt, sollen den Reclaimern bei der Hebung der Ruine helfen. Yû Isami, ein junger Soldat un Pilot eines Grand-Childs, gehört anfangs zu den Reclaimern. Seine Eltern sind geniale Wissenschaftler und haben zusammen mit anderen die Reclaimer-Bewegung gegründet. Zu ihren Kindern Yû und Iiko haben sie jedoch keine besonders elterliche Beziehung.

Iiko hat ihren Namen in Quincy Itthor geändert und geht aggressiv gegen alle Organisationen vor, die sich gegen das Reclaimer-Regime wehren. Er schlägt sich meist alleine durchs Leben, bis auf seine einzige wirkliche Freundin, welche eine junge attraktive Pilotin namens Cannan Ghimoss ist. Gegenüber Yû trifft er auf ein junges Mädchen namens Hime Utsumiya, das einen soeben geborenen Brain Powerd kidnappt und sowohl Yû's, als auch Cannan's Grand-Child besiegt und mit dessen Maschine entkommt.

Ein Jahr später denkt Yû noch immer über seine schicksalhafte Begegnung mit Hime Utsumiya nach. Er stiehlt einen Brain Powerd und schließt sich der Mannschaft der Novice Noah, einder modernen Arche Noah an, die sich zum Ziel gesetzt hat, die Machenschaften von Reclaimer zu unterbinden. Mittlerweile ist auch der ehemalige Reclaimer davon überzeugt, dass die Hebung der Ruine Orphen das Ende der Menschheit bedeuten könnte. Als Yû an Bord der Novice Noah gelangt trifft er auf eine alte bekannte wieder und zwar Hime Utusumiya.