Die Geschichte, welche auf einem Manga von Satoro Ozawa aus den 60er Jahren basiert, spielt in Tokio in der nahen Zukunft. Vor Jahren ist aufgrund der globalen Erwärmung der Meeresspiegel gestiegen und hat den Großteil der Landmassen überflutet. Sollte diese Katastrophe nicht schon reichen, gibt es auch noch eine Terror-Organisation, welche von dem wahnsinnigen Professor Zorndyke angeführt wird.

Durch die neuartige Lebenssituation wird eine Organisation namens Blue von Wissenschaftlern der Vereinten Nation gegründet. U-Boote werden gebaut und patrouillieren in den Meeren um den Frieden zu sichern und sogleich die neue Umgebung zu erforschen. Ziel ist es eine Lösung der gewaltigen Wassermengen zu finden und so das Umweltproblem zu stoppen.

Währenddessen kämpfen die Menschen außerhalb der Organisation um ihr nacktes überleben. Unter diesen Forschern gibt es auch den Wissenschaftler Zorndyke. Föllig zerfressen seines Schicksals zieht er sich in der Antarktis zurück und plant dort die wohl größte Zerstörung der Menschheit. Als die Arbeiten am neuen Hauptquartier von der Organisation Blue fertig werden, bricht eine erneute Katastrophe aus. Durch eine weltweite Atomexplosion werden alle elektronischen Geräde zerstört. Dazu löst eine Kettenreaktion eine Klima-Katastrophe aus und dabei sterben über eine Milliarde Menschen.

Währenddessen erschafft der wahnsinnige Professor Zorndyke genetische Unterwasserkreaturen, welche eine neue Weltordnung erzwingen sollen. Diese gentechnisch, veränderten Mutanten führen Krieg gegen die Menschen um die Erden neu zu besiedeln. Die einzige Hoffnung der Menschheit liegt auf dem neuen Unterseeboot Blue Submarine No. 6 und seiner Crew.

Die junge Pilotin Mayumi Kino ist beauftragt, einen Mann namens Tetsu Hayami zu bewegen, zur Flotte der Menschen zurückzukehren. Er wurde damals wegen Befehlsverweigerung unehrenhaft aus der Armee entlassen und hat nun eine neue Chance. Leider zeigt sich Hayami nicht sonderlich kooperativ und Mayumi verschwindet wieder. Kurz darauf wird sie von den mutierten Kreaturen Zorndykes angegriffen und Tetsu Hayami eilt ihr zu Hilfe. Schließlich schließt er sich doch der Besatzung an und versucht dadurch die Machenschafften des verrückten Zorndykes aufzuhalten.