In der fernen Zukunft ist die Menschheit in die Weiten des Alls vorgedrungen. Hier kann man die Menschliche Zivilisation grob in drei verschiedene Gruppen aufteilen und zwar die Raumstreitkräfte, die Piraten und die Outlaws. Angel Links ist zwar kein direktes Sequel zur Anime-Serie Outlaw Star, spielt aber im selben Universum

Die Story dreht sich um die Links Group, welche man auch zu den Outlaws zählen kann. Dieser Organisation gehört die Angel Links ein mächtiges Raumschiff dessen professionelle Crew darauf spezialisiert ist, Piraten zu jagen und Recht und Ordnung aufrecht zu erhalten. Ihr erster Einsatz ist gegen ein Geschwader Piraten, welche einen Convoi angreifen. Die Piraten fühlen sich überlegen bis die Angel Links aus dem Sub-Äther (Hyperraum) springt. Li Mei Fon, Captain der Angel Links, fackelt nicht lange herum und macht kurzen Prozess mit den Piraten. Hier kommt auch die Links-Cannon das erste Mal zum Einsatz. Dies ist eine Primärwaffe der Angel Links, wobei ein Strahl das All durch schneidet und alle Piratenschiffe in subatomare Partikel verwandelt.

Später auf Oraishon IV, dem Heimatplaneten der Links Group, wird eine Party gefeiert. Hohe Persönlichkeiten sind sehr dankbar für das Einschreiten der Links Group, welche seit ihrem Bestehen die Schifffahrtslinien sicherer macht. Allerdings taucht auch eine andere Persönlichkeit auf, welche nicht gerade sehr vertrauenserweckend ist. Heir handelt es sich um Gordon Hoi. Als ein weiterer Gast nicht eintrifft wird schnell herausgefunden, dass das Schiff von Leon Lahn auf dem Weg zu Oraishon IV entführt wurde. Der Erpresser besteht darauf, dass das Lösegeld von der Angel Links Crew überbracht werden soll.

Ohne viel Zeit zu verlieren macht sich das Schiff auf den Weg zu den Erpresser. Li und ihr Offizier Hida Cousei, ein weiterer Offizier der Angel Links, geraten beim überbringen des Lösegelds natürlich auch in die Fängen der Piraten, können sich aber nach einiger Zeit wieder befreien. Als sie schon fast das Piratenschiff verlassen haben verliert Leons Tochter ihren Teddy und rennt zurück. In diesem Momemt wird sie natürlich von dem Piratenführer gefangen und mit einer Waffe bedroht. Li ruft ein kleines katzenartiges Wesen mit Engelsflügeln auf dem Rücken und Dämonenflügeln am Kopf. Dieses verwandelt sich in ein großes Schwert, mit dem Li die Piraten niederstreckt.

Sie verlassen das Piratenschiff mit einem Beiboot und kehren auf die Angel Links zurück, wo wieder einmal die Links-Cannon zum Einsatz kommt. Später wird ein neues Mitglied in die Links Group aufgenommen. Hier handelt es sich um Makott, welcher die Aufgabe erhält, einen Transporter mit wichtiger Fracht zu steuern. Die Angel Links, sowie einige andere Schiffe geben Begleitschutz, da mit einem Piratenangriff gerechnet wird. In einem Asteroidenfeld werden sie auch prompt von Piraten angegriffen. Viele Schiffe explodieren und Makott bleibt nichts anderes übrig, als die Frachtcontainer zu stossen um sein Leben zu retten. Die Piraten stürmen auf die Fracht wo wiedermal die Links-Cannon zum Einsatz kommt. Zurück auf Orashion IV stellt sich heraus, dass die Fracht nur ein Köder war um zwei sehr gefährliche Piraten anzulocken.

Angel Links ist mit 13 Episoden abgeschlossen und hat eigentlich keine zusammenhängende Handlung. In jeder Folge passiert etwas anderes, ähnlich wie bei Cowboy Bebop. Nur die Erzählung der einzelnen Charaktere der Links Group wird deutlich erzählt, da viele Fragen über deren Vergangenheit gestellt wird.