Die Elektronik auf der Erde hat sich im Laufe der Jahre immens weiterentwickelt. Besonders die Spielewelt ist davon betroffen. Es wurde ein Spiel produziert womit man durch ein Angel Egg, in dem die Träume ruhen, einen eigenen Angel aufziehen kann. Menschen kämpfen mit ihren Angels gegeneinander und die Eigenschaften Klugheit, Liebe und Mut werden auf die Probe gestellt. Willkommen in der Welt von Angelic Layer.

Das Mädchen Misaki Suzuhara ist 12 Jahre alt und ist gerade auf den Weg zu ihrer Tante, welche in der Stadt Tokyo lebt. Hier muss sie absofort in die Mittelschule gehen. Als Misaki die Tokyo Zughaltestelle verlässt, bemerkt sie eine Gruppe Menschen, die umringt von einer großen Leinwand stehen. Hier sieht man einen Kampf zwischen zwei Puppen, den sogenannten Angels. Misaki ist auf anhieb völlig fasziniert von diesen Angels und erfährt von Kindern, dass es sich hier um das Spiel Angelic Layer handelt.

Ein komischer Typ, welcher sich selber Icchan-san (Onkelchen) nennt und Misaki schon die ganze Zeit beobachtet, erzählt ihr alles über das Spiel. Darauf fasst sie sich den Entschluss, ebenfalls solch einen Angel zu kaufen und rennt gleich ins nächste Einkaufscenter. Misaki kauft sich ein Angel Egg samt Ausrüstung und packt diesen auch gleich aus, nachdem sie bei ihrer Tante angekommen ist. Die Eigenschaften des Angels werden anhand der Eigenen festgelegt und der Name soll Hikaru lauten. Haare werde noch geschnitten und ein passendes Köstum angefertigt. Der Angel Hiakru ist geboren. Er wirkt sehr klein, ist dafür ziemlich schnell.

Am nächsten Tag ist Misakis erster Schultag wo sie schnell neue Frende findet. Darunter Tamayo Kizaki, Kotaro Kobayashi und Kotaros Schwester Hatoko. Immer wieder taucht Icchan-san auf und hilft der Kleinen bei ihrem Angel Hiakru. Sie gehen z.B. ins Trainingscenter um ein Angel-Spezialtrainung zu starten. Später nimmt sie sogar an einem Wettkampf im Ebisu Shoppingcenter teil, um Erfahrung zu sammeln. Zu aller Überaschung gewinnt sie den Wettkampf.

Am nächsten Tag bekommt Misaki von Icchan-san eine Angel Card geschenkt. Damit kann sie mit Hiakru an offiziellen Turnieren teilnehmen. Das erste Tunrier ist gefunden und ihr erster Gegner stellt sich als Hatoko mit ihrem Angel Suzuka heraus. Sie gilt als wahre Meisterin des Spiel und somit haben Misaki und ihr Angel Hikaru keine Chance. Die nächsten Kämpfe sind gegen Ringo und ihren Angel Ranga und Madoka Fujisaki und ihren Angel Mao.

Während Hatoko sich weiter Richtung Finale kämpft, offenbahrt Icchan-san ihr, dass Hikaru einen Schwachpunkt besitzt und eine der Spitzengruppe diesen sogar schon entdeckt hat. Am Ende kann Misaki trotzdem den Sieg für sich erzielen und landet somit im Halbfinale. Die Teilnehmer stehen fest: Misaki Suzuhara, Hatoko Kobayashi, Kaede Saito und Sai Shonouchi. Das Finale wird in einer Woche im Stadion stattfinden. Genügend Zeit um Hikarus Schwachpunkt, ihre Leichtigkeit, auszubeuten.

Für das Finale wurde extra ein neues Layer-System entwickelt, welches sogar Landschaften darstellen kann. Schon im ersten Kampf muss sich Misaki beweisen und kämpft gegen Kaede und ihren Angel Blanchet. Kann Misaki diesen starken Gegner besiegen und vielleicht sogar das ganze Turnier?