Fuji Yakumo
Yakumo ist einer der Hauptcharakter in 3x3 Augen. Zu Beginn der Serie ist er 16 Jahre alt und lebt alleine, da seine Mutter und später auch sein Vater ihn verlassen haben. Der Vater von Yakumo nahm an einer Expedition nach Tibet teil. Um sich seinen Lebensunterhalt zu verdienen, arbeitet Yakumo im "Culture Shock", einer Bar für Homosexuelle. Als er auf Pai trifft, verändert sich sein Leben vollkommen. Durch die Verschmelzung seiner Seele mit der von Pai wird er unsterblich. Zu Anfang seiner Zeit als Wu beherrscht Yakumo noch keine Art von Magie, doch das ändert sich im Laufe der Serie. Immer wieder rettet er Pai bzw. Sanjiyan aus gefährlichen Situationen und seine Gefühle für sie werden immer stärker. Im Laufe der Serie verändert sich sein Charakter mehrmals, so wird er mit zunehmenden Alter reifer und mutiger, obwohl sein Körper weiterhin dem eines sechzehnjährigen gleicht.

Pai
Pai ist auf dem ersten Blick ein junges Mädchen. Doch in Wirklichkeit ist sie über 300 Jahre alt. Sie ist ein wenig naiv und hilflos. Pais andere, agressivere Hälfte ist der Sanjiyan. Sie wird von Yakumo aufgelesen, als sie hilflos durch die Straßen von Tokyo irrt. Das er die Person ist, die sie seit vier Jahren sucht, weiß sie noch nicht. Im späteren Verlauf der Geschichte wird die Persönlichkeit des Sanjiyan und von Pai von Benares durch die von Ayanokouji Pai ersetzt, welche in Wirklichkeit die der Schlange Houasyou ist. Pai selbst ist ein klein wenig in Yakumo verliebt. Das führt zu Problemen, da sie Yakumo nicht schaden will und sich so ganz alleine Benares stellt. Nur ihre andere Hälfte steht ihr dabei zur Seite.

Sanjiyan
Der Sanjiyan ist die andere Hälfte von Pai. Der Sanjiyan ist ein Triklop, eine übermenschliche Rasse, welche urplötzlich wie vom Erdboden verschwunden ist. Der Sanjiyan selbst ist zusammen mit Pai auf der Suche nach der Lösung, wie beide menschlich werden können. Der Sanjiyan ist nicht leicht umgänglich im Bezug auf andere Personen, auch Yakumo muss das erst herausfinden. Der Sanjiyan wird von Benares Schergen gejagt, da der Bösewicht Benares den Sanjiyan braucht, um so seinen Meister zurückzuholen.

Takuhi
Takuhi ist das Haustier von Pai und lebt in ihrem Stab. Durch die Wegnahme des Schädels vom Stock kann Takuhi jederzeit freigelassen werden. Je nachdem wer Takuhi aus dem Stab befreit, hat dieser eine andere Größe und ein anderes Verhalten. Bei Pai ist er klein und freundlich, während er, nachdem ihm Yakumo befreit hat, groß und agressiv ist. Takuhi stirbt, als er versucht Meishin vor Ryouko zu retten.

Benares
Benares ist der Oberbösewicht in 3x3 Augen. Wie Yakumo ist auch Benares ein Wu, allerdings nicht von irgend einem Sanjiyan, sondern von Kai Yan Wang, dem Anführer der Sanjiyans. Dieser wurde vor Jahrhunderten verbannt, weil er sich zum Herrscher der Welt aufschwingen wollte. Nun sucht Benares einen Weg, wie er seinen Meister zurückholen kann. Um sein Ziel zu erreichen, hat sich Benares mit den Monstern aus einer anderen Dimension verschworen. Diese sollen ihm den letzten noch lebenden Sanjiyan bringen. Um sich vor Schaden zu schützen und sich seiner Gegner zu entledigen setzt Benares Magie ein, welche er zum größten Teil selbst entwickelt hat. Obwohl er jahrhundertelang auf die Rückkehr von Kai Yan Wang hingearbeitet hat, bietet er Pai später an, mit ihm über die Welt zu herrschen, anstatt mit seinem Meister.

Lee Ling Ling
Lee Ling Ling ist Mitarbeiterin in der Yogekisha Publishing Company, ein Zeitschriften-verlag in Hongkong, der sich mit übersinnlichen Phänomenen beschäftigt. Sie selbst glaubt nicht an diese Dinge, dreht aber ahnungslosen Leuten Bannzettel an, die Monster und andere Kreaturen fernhalten sollen. Neben ihrer Vorliebe für Geld ist Lee Ling Ling auch noch gut im Nahkampf. In der Abwesenheit ihres Chefs Chen Aguri und nach den Erfahrungen, die sie durch Yakumo und Pai gesammelt hat, wandelt Ling Ling die Yogekisha Publishing Company in die Monster Buster Inc. um.

Meishin Long
Meishin Long ist die jüngere Schwester von Steve Long. Sie besitzt ein aufbrausendes Temperament. Als sie von dem Verschwinden ihres Bruders erfährt, setzt sie Himmel und Hölle in Bewegung, um ihn zu retten. Als Meishin Yakumo und Pai kennenlernt, ist Meishin im Besitz eines der Fragmente des Ningen no Zou, doch dieses wird ihr kurz darauf entwendet. Während sie ihren Bruder retten will, wird sie von Ryouko gefangengenommen und soll für Kai Yan Wang geopfert werden, was ihr natürlich gar nicht behagt.

Steve Long
Steve Long ist ebenfalls Mitarbeiter in der Yogekisha Company, der späteren Monster Buster Inc. Nebenbei ist er noch als freiberuflicher Exorzist tätig. Er trifft zum erstenmal auf Yakumo, nachdem er von Ryoukos Schergen entführt wurde. Er selbst gibt Yakumo Tipps in Sachen Liebe, welche aber nicht so recht funktionieren. Steve Long besitzt noch eine Schwester namens Meishin.